根据《陕西省秦岭生态环境保护条例》(以下简称《条例》)，秦岭范围内的县级以上水行政主管部门依法编制涉及秦岭的水资源开发利用和保护流域规划、区域规划，应当符合省秦岭生态环境保护总体规划的要求。
保障江河合理流量 维护生态平衡
《条例》规定，在秦岭调度水资源，建设水电站、水库等，应当符合省秦岭生态环境保护总体规划、水资源开发利用和保护规划，保障江河的合理流量和湖泊、地下水的合理水位，维护生态平衡。
涉河蓄水、拦水工程设施，应当保证生态基流量，修建水生动物洄游通道。
建立秦岭饮用水水源保护区
《条例》规定，秦岭范围内的各级人民政府应当采取措施保护植被、涵养水源、防治水质污染、防止水资源枯竭，保证饮用水水源安全。
《条例》明确，建立秦岭饮用水水源保护区。饮用水水源保护区分为一级保护区、二级保护区。必要时，可以在饮用水水源保护区外围划定一定的区域作为准保护区。
秦岭饮用水水源保护区的划定，由秦岭范围内设区的市人民政府提出方案，报省人民政府批准并公布;跨设区的市饮用水水源保护区的划定，由有关的市人民政府协商提出方案，报省人民政府批准并公布。
秦岭饮用水水源保护区由所在地县级人民政府设置标牌、界桩。
秦岭饮用水地表水、地下水的水源一级保护区、二级保护区、准保护区的管理，按照国家和本省饮用水水源保护的有关规定从严执行。
加强防护监测 防治水质污染
《条例》规定，禁止使用不符合国家规定防污条件的运载工具，运载油类、粪便及其他有毒有害物品通过地表水水源保护区。禁止运输危险化学品的车辆通过饮用水地表水水源保护区;确需通过的，应当采取有效安全防护措施，报公安部门依法办理有关手续，并通知水源保护区管理机构。
环境保护行政主管部门应当严格控制秦岭范围内重点水污染物排放总量，制定的重点水污染物排放总量应当与水体功能容量相适应。设区的市、县(市、区)环境保护行政主管部门应当根据上级行政主管部门下达的重点水污染物排放总量控制计划，拟定本行政区域重点水污染物排放总量控制实施方案，并报上一级环境保护行政主管部门备案。
环境保护和水行政主管部门应当加强秦岭水质状况的监测，发现重点水污染物排放总量超过控制指标或者超过水体功能容量的，应当及时报告当地县级以上人民政府。县级以上人民政府应当采取措施组织治理。
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