环境保护部和财政部自2009年联合启动了国家重点生态功能区县域生态环境质量监测、评价与考核工作，利用环境质量监测、卫星遥感解译、环境统计等数据，结合现场核查、无人机遥感抽查、突发环境事件等，评价和考核国家重点生态功能区县域生态环境质量及变化，考核结果作为中央对地方国家重点生态功能区转移支付资金奖惩的重要依据。
国家重点生态功能区县域生态环境质量监测、评价与考核工作依托国家环境监测网，综合运用卫星遥感监测、环境质量监测、现场核查、无人机等多种技术手段，构建了天-空-地一体化的县域生态环境质量监测体系，建立了以生态环境质量改善为目标、将生态环境保护结果(效果)与保护过程相结合的考核指标体系，研发了业务化信息平台，实现了对国家重点生态功能区县域生态环境质量的立体监测和综合评价，推进了地方政府的生态环境监管能力建设，为县域生态环境保护提供了有力支撑。
2017年，国家重点生态功能区县域生态环境质量监测、评价与考核工作对27个省份和新疆生产建设兵团724个县域(其中23个县域未参与评价)的2016年度生态环境现状进行评价。701个县域中，生态环境“良好”比例为52.8%，“一般”为32.4%，“脆弱”为14.8%。具体考核结果将由两部门进行联合通报。
2016年国家重点生态功能区县域空间分布图
国家重点生态功能区县域地表水质量监测点位/断面分布图
国家重点生态功能区县域空气质量监测点位分布图
