专项分类时期
1995年，上海提出了生活垃圾无害化、减量化、资源化处置，正式拉开了规模化、体系化的生活垃圾分类序幕。1996年，《上海环卫系统“九五”改革发展纲要》出台。市容环境卫生管理工作开始由狭义的内部专业管理，逐渐向全社会、全方位的社会管理转变。上海逐步建立集垃圾收集、运输、中转、处置等各个环节互相配套、性能优良的环卫设施转运体系。20世纪90年代，环卫设施建设和设备的更新换代步伐加快。现代化大型环卫设施和新型装备的投入运行改变了原来落后的环卫作业方式。环卫公共服务设施配置布局更趋合理，弥补了历史上的不足。同年，老港垃圾处置基地完成二期扩建，日处理垃圾达6000吨，承担了上海市区约70%的生活垃圾处置任务，高峰期间更是达到约9000吨，城市生活垃圾基本做到日产日清。环卫基础设施面貌有所改善，改建、扩建、新建了会馆街、龙水路、闵吴路等一批环卫专用码头。环卫机械化作业能力有所提高，有效减少了垃圾收运过程中对周边环境的污染。1996年，上海首座小型压缩式生活垃圾收集站投入试运行。垃圾收运中转实现了集装箱机械密闭方式，并在新建住宅小区逐步推广普及，改变了以往垃圾收集运输中洒落飞扬、污水滴漏现象。环卫作业装备通过更新和改造，垃圾的运输封闭率得到提高，压缩式密封垃圾车成为垃圾运输的主要车型。水上运输大吨位机动船逐步替代了小吨位传统驳船，360吨以上新型集装箱运输船还配备有GPS定位导航系统等，环卫水运船舶数量下降，运能大幅度提高。
环卫水上集装箱运输
1998年，普陀区真北路莲花小区建立了上海首座小型生活垃圾压缩式收集站（以下简称小压站），取代小区内多座垃圾箱的垃圾囤积量，有效改善了居民区的环境卫生。2000年后，小压站逐步成为上海新建居住区主要的环卫配套设施。按照“合理布局、数量适宜”的原则，小压站新建和改建项目已成为环卫部门每年的重要工作。
小压站
小压站
2001年，上海结合APEC会议对市容环境建设要求，在涉会宾馆、景点、道路、周边小区重点推进垃圾分类。有条件的小区要求建立有机垃圾生化处理站，就地处置居民厨余垃圾。至2001年底，共建成有机垃圾生化处理站39座。
2004年，国家建设部提出城市生活垃圾运输封闭化、减量化、集装箱化。建设大型垃圾中转设施可有效提高垃圾收运率，避免垃圾运输过程二次污染等现象的出现。同年，静安区淮安路、黄浦区多稼路两座中转站，除了建成了集装箱化的中转站，结合设施外观走势及紧邻居民区的实际，更在破除邻壁效应做出尝试，建了屋顶花园，作为周边市民健身、休闲的场所。这两座垃圾中转站都是采用垂直压入式工艺，配备了除尘、除臭装置。垃圾从地面一层运进，通过压缩大型运输车从地下装运后运出，具有垃圾装箱工艺简单、动力消耗低、环保性能好、对垃圾分类收集适应性好等优点。
黄浦区垃圾中转站
2006年，虹口区垃圾中转站、杨浦区垃圾中转站建成并投入运营，中转量分别为650吨/日、700吨/日。
2008年7月，浦东新区垃圾分流转运中心建成并投入运营。该中心引进国外先进的垂直压入式装箱转运设备，站内建立中央集成控制系统和车载GPS系统，实现了垃圾转运全过程的有效监控。垃圾集散转运的封闭化运输缓解了以往因垃圾散装运输过程中对环境造成污染的问题。
浦东新区、杨浦区垃圾中转站
2010年，上海建成市区生活垃圾内河集装化转运系统，实现了生活垃圾运输从散装到中转压缩、集装箱运输的转变。至2010年底，全市垃圾密闭化运输车辆3607辆，满足了全市生活垃圾运输任务；垃圾水上运输船舶102艘，满足了垃圾水上运输任务。2011年8月，一期项目（徐浦垃圾中转站（码头）---老港垃圾填埋场）全部竣工并投入运营，由1500个集装箱开始密闭化水陆联运。
徐浦基地作业场景
2015年，全市落实“一主多点”规划布局，推进干、湿、有害垃圾分类运输系统建设。老式的生活垃圾清运车辆为了便于垃圾装运，并未设计有可封闭式料斗，但如今的干垃圾运输车加装有可翻折开闭的挡板，以阻挡气味或质量较轻的垃圾在转运途中“偷跑出去”。
现投入使用的干垃圾运输车辆
（加装有可翻折开闭的挡板）
2018年，上海市人民政府发布的《关于建立完善本市生活垃圾全程分类体系的实施方案》中提出上海要建立生活垃圾分类投放、分类收集、分类运输、分类处理的全链条。围绕“保障无害化，加强资源化，促进减量化”，统筹谋划、补齐短板、综合治理。
2019年8月16日，上海市绿化和市容管理局发布的《上海市生活垃圾清运工作指导意见》中要求严格执行生活垃圾分类清运制度，全面落实专用车辆对干垃圾、湿垃圾、可回收物、有害垃圾实施分类收运，明确车辆标识，专车专用，全面杜绝混装混运。
干垃圾清运车
湿垃圾清运车
可回收物清运车
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